牡丹江医学院是本科院校。

学校本科招生面向28个省、自治区、直辖市，全日制研究生和本科生11866人。学校开设临床医学、医学影像技术、制药工程、公用事业管理等21个本科专业，涵盖医学、科学、工程、管理四个学科。其中临床医学、医学影像、麻醉学、医学检验为省级重点专业，临床医学、医学影像、医学检验技术、制药工程为省级一流本科专业建设点。医学影像学是省级特色专业，国家级特色专业建设基地，省级人才培养模式创新实验区。口腔医学、临床医学、医学影像学、麻醉学列为一级本科招生。临床医学、基础医学、生物学、护理学、公共卫生、药学、生物医学工程是硕士学位授权的一级学科，两个学科有30个是硕士学位授权的。基层实用临床医学被列为黑龙江省“双一流”建设项目——全省特色学科建设学科。基础医学、生物学、内科学、影像医学、核医学为省级重点学科。人体解剖学、组织胚胎学、医学遗传学、病原生物学、医学影像设备与诊断学为省级精品资源共享课程，《常见传染病》和《常见心血管疾病的诊断与治疗》为省级精品在线公开课，《锦绣口腔学》为省级精品视频公开课，《功能学》为省级一流线上线下混合课程。

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