海南热带海洋大学是由海南省人民政府、国家海洋局、中国海洋石油总公司、三亚市人民政府、三沙市人民政府等共同设立的全日制公办本科省级大学。是外交部、教育部“中国-东盟教育培训中心”之一，教育部十大“教育援助基地”之一。是国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位，上海合作组织大学中方成员机构，海南省中南部少数民族地区人才培养摇篮和知识创新、社会服务、文化传承、国际交流与合作基地。

学校前身是1954年创办的海南黎族苗族自治州师范学校和1958年创办的海南黎族苗族自治州师范学院。经过几次分离、调整和更名，1993年海南通师师范学院和海南通师教育学院合并组建琼州大学。2006年，琼州学院升格为本科院校，更名为琼州学院。同年4月，海南民族师范学院并入琼州学院。2009年，学校主校区从五指山市迁至三亚市。2020年9月，更名为海南热带海洋大学。2020年12月，海南海洋与渔业科学院转入学校管理。

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