上海海事大学是重点大学，但有12个省部级重点研究基地。目前有国家重点(培育)学科1个，上海高峰学科1个，上海高原学科2个，厅级、市级重点学科9个。工程学科已进入世界ESI前1%，港口与航运物流学科保持全球领先地位。

中国的高等航海教育起源于上海。1909年，清末邮政通信部上海高等工业学校船政系(南洋学院)开创了中国高等航海教育。吴淞船政学堂成立于1912年，1933年更名为吴淞船政学堂。1959年，交通部在上海成立上海海事学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为了更好地服务上海国际航运中心建设和全国航运业发展，根据上海专升本布局结构调整规划，上海海事大学主体于2008年迁至临港新城(现上海自贸区临港新区)。2020年，学校成功举办了一系列庆祝110周年的活动。

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